KDF Energy, compania românească prezentă pe segmentul tranzacţiilor cu certificate de emisii de gaze cu efect de seră pe piaţa din România, Bulgaria și Grecia, a identificat principalele provocări pe care a treia fază (2013 – 2020) a acestei scheme le generează pentru operatorii economici. EU-ETS acoperă peste 11.000 de centrale electrice și unități de producție din cele 28 de țări membre UE, precum și din Islanda, Lichtenstein și Norvegia. Spre deosebire de primele două faze, alocările nu mai sunt 100% gratuite. În prezent, pe piața românească, 185 de instalații beneficiază de alocare gratuită pe perioada 2013 – 2020. Pentru anul în curs, alocarea gratuită se ridică la aproximativ 29 de milioane de certificate în România. 
Așadar, una dintre provocări se referă la stabilirea alocărilor. Dacă în primele două faze alocările pentru operatori erau stabilite de către statul membru UE prin Planul Național de Alocare (PNA), în această etapă alocarea este stabilită de Comisia Europeană, prin Măsurile Naţionale de Implementare (NIMs).
Apoi, numai o parte din alocarea totală este alocată operatorilor de către statul membru, restul certificatelor de emisii de gaze cu efect de seră (EUA) fiind scoase la licitație prin intermediul Ministerului Finanțelor Publice. Pentru 2013, România are alocate 27,9 milioane de EUA-uri spre licitare, iar în 2014 numărul lor va crește la 35,8 milioane EUA-uri, în timp ce alocările gratuite vor scădea. Pe fondul descreșterii anuale a alocărilor gratuite, operatorii economici vor fi nevoiți să cumpere certificate în licitații, investiție suplimentară care se va regăsi în costul final al produselor finite. Fondurile acumulate în urma licitațiilor pot fi accesate de către operatori pentru realizarea de investiții în modernizarea instalațiilor încât să reducă emisiile de carbon.
O a treia provocare se referă la alocările gratuite. Dacă în primele două faze, alocările s-au realizat în mod gratuit către toate sectoarele aflate sub incidența EU-ETS, în a treia fază, alocarea gratuită se realizează numai către sectoarele supuse riscului de relocare (adică de mutare a activității economice respective din spațiul UE în spațiul extracomunitar), precum sectorul rafinare, ciment, sticlă, hârtie, metalurgie. Generatorii de energie electrică nu mai primesc alocări cu titlu gratuit. Pentru aceștia, statul român a decis aplicarea prevederilor din directiva EU-ETS cu referire la alocările tranzitorii cu titlu gratuit în scopul modernizării producătorilor de energie electrică (prin Planul Național de Investiții – PNI).
De asemenea, tot o provocare este și monitorizarea emisiilor, care se realizează tot anual, cu raportare în perioada martie/aprilie a anului următor celui în care au fost realizate emisiile. Emisiile anulate sunt validate de verificatori acreditați de Asociația de Acreditare din România (RENAR), organismul de acreditare al statului român, recunoscut de Comisia Europeană.

A cincea provocare este legată de numărul de raportări, care crește în această fază, calendarul incluzând în această perioadă un nou raport (31 decembrie) privind modificările din instalații din punctul de vedere al capacității, al nivelului de activitate și al funcționării.

Certificatele de emisii reprezintă dreptul acordat fiecărui operator care deţine o instalaţie din sectoarele de sub schemă de a emite dioxid de carbon. Certificatele trebuie utilizate pentru conformarea cu emisiile anuale de CO2 generate de activitatea de producţie pe care o desfăşoară. Acestea sunt comercializate în situaţiile în care operatorii, în urma investițiilor de retehnologizare şi a îmbunătăţirii eficienţei energetice, îşi reduc emisiile de CO2 comparativ cu valoarea anuală alocată cu titlu gratuit prin Măsurile Naţionale de Implementare.