Emanoil Gojdu a urmat cursurile liceale la liceul premonstratens din Oradea şi la cel din Bratislava. Unele surse spun că de fapt E. Gojdu ar fi absolvit liceul nu la Bratislava, ci la Eger, Ungaria.
În anul universitar 1820-1821 Gojdu s-a înscris la cursurile Academiei de Drept din Oradea. Ceilalţi ani de studii i-a făcut la Bratislava şi la Budapesta. După ce a absolvit cursurile Academiei de Drept, s-a stabilit la Budapesta, unde a fost numit practicant la Tabla Regească, conform Enciclopediei României.
Diploma de avocat a obținut-o la Budapesta, iar mai târziu a luat și diploma de „notar cambial”. În anul 1824 s-a stabilit la Budapesta ca avocat și politician.
După o scurta perioadă, E.Gojdu și-a deschis propriul birou de avocatură și a devenit faimos pentru pledoariile și rechizitoriile sale.
În contextul izbucnirii revoluției pașoptiste și în Transilvania (1848), Gojdu a încercat să găsească alături de fruntașii români din Banat și Câmpia de Vest, o soluție care să se potrivească Proclamației de la Blaj, din 3/15 mai 1848. Față de românii ardeleni, cei din Banat și Câmpia de Vest aveau păreri mai moderate, neexcluzând o posibilă colaborare cu maghiarii. Pe 21 mai 1848, în casa lui din Oradea, a redactat proclamația „Înștiințarea către Românii de legea răsăriteană neunită”, prin care de preconiza o mare adunare populară la Timișoara, pentru data de 25 iunie 18488, unde fiecare comitat ar fi trebuit să își trimită reprezentanții. Adunarea nu a avut loc însă niciodată.
Tot în aceeași perioadă a redactat „Petiția neamului românesc din Ungaria și Banat”, prin care se exprima aderența la Casa de Habsburg și se cerea independența românilor față de Mitropolia sârbească de la Carlovit.
În anul 1861, Emanoil Gojdu a fost numit prefect al judeţului Caraş, care avea populaţie majoritar românească. Din cauza viziunilor sale moderate faţă de revoluţia românească din Transilvania, de la 1848, şi datorită faptului că a subscris la unele ţeluri ale revoluţiei paşoptiste maghiare, pe timpul cât a fost prefect de Caraş a fost privit cu neîncredere de români.
În anul 1866, Gojdu a fost ales deputat de Tinca.
La 4 noiembrie 1869, Emanoil Gojdu și-a făcut testamentul la Budapesta, prin care și-a lăsat averea „acelei părți a națiunii române din Ungaria și Transilvania care aparține la confesiunea orientală ortodoxă”, pentru acordarea de burse studenților și pentru ajutorul preoților. În acest sens a fost constituită o fundație. Acestă fundație a funcționat între 1870 și 1917, acordând foarte multe burse studenților români, dintre care se remarcă: Traian Vuia, Octavian Goga, Constantin Daicoviciu, Petru Groza și Victor Babeș.
Averea lăsată de Gojdu a fost inzecită de administratorii priceputi ai fundatiei. In 1911 era echivalenta cu 2 tone si jumatate de aur fin.
Administratorii nu au adunat numai bani si actiuni in băncile maghiare, ci au făcut si investitii imobiliare profitabile. Averea Fundatiei Gojdu este estimata acum la aproape 1 miliard de euro. Primii administratorii ai Fundatiei Gojdu au respectat insa intocmai litera testamentului si o parte din sumele de bani s-au transformat in burse si ajutoare pentru tineri, o imensa sansa pentru renasterea culturala a romanilor din Transilvania.
După anul 1918, sediul Fundaţiei s-a mutat la Sibiu.
După instaurarea regimului comunist în Ungaria, la sfârşitul celui de-al Doilea Război Mondial, Fundaţia Gojdu a fost naţionalizată de statul maghiar şi şi-a întrerupt activitatea în anul 1952.
După prăbuşirea regimurilor comuniste din Europa de Est, în anul 1989, a început o serie de procese care vizau recuperarea bunurilor Fundaţiei Gojdu.
În anul 2005, guvernul României a renunţat la întregul patrimoniu al Fundaţiei Gojdu, în favoarea statului maghiar.
Când şi-a redactat testamentul, Emanoil Gojdu a spus că ar dori să se scoale din mormânt peste o sută de ani, pentru a vedea ce s-a ales din testamentul său.
Emanoil Gojdu a murit în anul 1870, la Budapesta. Este înmormântat în cimitirul Kerepesi, din capitala Ungariei. După 1990, în România au avut loc lungi dezbateri, care încercau să răspundă la întrebarea dacă rămăşiţele pământeşti ale lui Emanoil Gojdu ar trebui sau nu repatriate. Autorităţile din Ungaria au refuzat repatrierea.
În 2005, Guvernul Tăriceanu a încheiat cu guvernul ungar un act juridic prin care patrimoniul era renaţionalizat de statul ungar, Fundaţia Gojdu, în varianta gândită de Emanuil Gojdu, era desfiinţată, iar testamentul, anulat, conform Libertatea.ro.
Actul prevedea înfiinţarea unei noi fundaţii, în Ungaria, care să se ocupe doar de studenţii români aflaţi acolo, cu fonduri puse la dispoziţie de statele român şi maghiar, dar nu mai spunea nimic despre banii lăsaţi de Emanuil Gojdu.
Documentul a fost conceput de Mihai Răzvan Ungureanu, în calitate de ministru de externe. Acest acord a stârnit, cum era de aşteptat, nemulţumirea Bisericii Ortodoxe Române. În urma scandalului care a urmat, Parlamentul a respins iniţiativa şi a repus Fundaţia Gojdu de la Sibiu în drepturile ei.
În anul 2012, premierul Victor Ponta a anunţat că o comisie de control va verifica modul în care MRU a încercat să înstrăineze Fundaţia Gojdu.
Acesta e motivul pentru care, înainte de votul din Parlament pentru numirea lui Ungureanu în funcţia de şef SIE, s-a vorbit despre “Fundaţia Gojdu, piatra de moară de la gâtul lui MRU”.
Conform informaţiilor de ultimă oră, din verificările Fundaţiei Gojdu din Sibiu reiese că într-o bancă din Austria există o parte din averea lăsată moştenire studenţilor români, sub formă de aur.
Fundația Emanoil Gojdu gândită de un mare roman este acum doar un nume pe-o hârtie, cu o imensa mostenire sprituala si o bogăție materială inaccesibilă. La o distanță de aproape 150 de ani de la inițierea unui mare proiect, visul acestuia se destramă puțin câte puțin din cauza negurii istoriei, a neputinței și orgoliilor, a ignoranței și dezinteresului.