Laboratorul a fost creat de Andreas Clementi (foto jos) la începutul anului 2000. Pe când era student, acesta nu avea încredere în testele făcute de revistele IT și a început să testeze produsele singur. În 2003, el a încercat să obțină fonduri pentru susținerea proiectului prin donații de la utilizatori. Aceasta variantă a picat, doar trei utilizatori fiind dispuși să doneze nişte bani. Trebuiau găsite alte surse de finanțare pentru ca AV-Comparatives să continue să existe, fără să compromită calitatea, numele și neutralitatea acestuia. Banii nu trebuiau să influențeze în niciun fel rezultatele. Soluția s-a dovedit a fi destul de simplă. Toți producătorii de antiviruşi plăteau aceeași taxă pentru ca soluția lor să fie testată. În prezent, laboratoarele, aflate în Austria, primesc finanțare de la guvern și de la două universități, cea din Innsbruck și Universitatea de Știință și Tehnologie din Hong Kong. Bugetul anual în prezent este de 500.000 de euro.
La AV-Comparatives lucrează 12 oameni, însă cu tot cu voluntari numărul lor ajunge la 25. Există două data centere în Innsbruck și unul în Munich.  La sediul din Innsbruck există 400 de servere, sunt folosiți 400 TB spațiu de stocare, 600 GB RAM și 20 de km de cablu. De asemenea, există trei conexiuni independente la internet și 256 de IP-uri diferite.
Laboratoarele operează 60 de Honeypots sau „capcane” în întreaga lume de unde strâng malware. „Suntem singurul laborator de testare care avem astfel de capcane în China. Lucrăm împreună cu guvernul chinez”, potrivit lui Andreas Clementi,CEO al AV-Comparatives.
Testele se fac pe calculatoare, nu mașini virtuale, deoarece se încearcă replicarea condiţiilor din realitate. De asemenea, acestea se efectuează pe staţii de lucru dotate cu Windows 7. Anul trecut, testele se făceau pe echipamente cu Windows XP. Programele de securitate sunt testate pe aproximativ 300.000 de viruși descoperiți în ultimele luni și multe URL-uri de phishing și malware.
„Trebuie să accesăm un site în acelaşi timp cu toate soluţiile testate. Facem acest lucru cu o întârziere maximă de 5 secunde pe 25 de staţii de lucru pentru care folosim un alt IP. Folosim IP-uri din diferite ţări pentru că virusul ar putea atacă doar o anumită regiune. Dacă vă aduceţi aminte de Conficker, acesta ataca toate PC-urile mai puţin cele care aveau tastatură în  limba ucraineană”, explică Clementi. 
AV-Comparatives poate verifica câteva milioane de fişiere într-o săptămână, iar un test durează între 6 şi 10 minute.
În 2012 AV-Comparatives a testat următoarele soluţii de securitate
AhnLab
eScan
Kaspersky
Qihoo-360
Avast!
ESET
McAfee
Sophos
AVG
Fortinet
Microsoft
Tencent – QQ
AVIRA
F-Secure
Panda
Trend Micro
BitDefender
G DATA
PC Tools
Webroot
Bullguard
GFI – VIPRE
Bitdefender a fost declarat "Produsul Anului 2012" de AV-Comparatives.