Mai mult, o treime din proiectele auditate aveau obiective care nu ţineau de domeniul transporturilor. Pe lângă existenţa de proiecte ineficace, Curtea a constatat şi faptul că anumite proiecte nu erau utilizate, precum şi faptul că patru proiecte semnificative, a căror valoare reprezenta 70,8 % din suma totală auditată, nu fuseseră finalizate până la data desfăşurării auditului.
Din cele 23 de proiecte care fuseseră finalizate, 11 fuseseră finalizate la timp, însă 12 înregistraseră o întârziere medie de 26 de luni în executarea construcţiilor.
Mai mult, cinci dintre proiectele finalizate, cărora le corespunde aproape jumătate din suma auditată, vor necesita investiţii suplimentare considerabile pentru a putea fi utilizate în mod eficace.
Curtea de Conturi Europeană formulează o serie de recomandări în atenţia Comisiei, în vederea creşterii eficacităţii investiţiilor în porturile maritime, cum ar fi:
• să reamintească statelor membre de obligația pe care o au de a utiliza fondurile UE într-un mod compatibil cu cerințele bunei gestiuni financiare. În acest sens, Comisia ar trebui să furnizeze orientări corespunzătoare și să disemineze bunele practici identificate în statele membre, încurajând, în special, utilizarea sistematică de către autorităţile de management a unor indicatori de rezultat și de impact;
• să introducă principiul conform căruia finanțarea UE să fie condiţionată de obținerea rezultatelor planificate şi să se asigure că vizitele efectuate la fața locului abordează și chestiunile privind eficacitatea; de asemenea, să consolideze procedura de evaluare aferentă proiectelor majore și proiectelor din cadrul Fondului de coeziune, în vederea unei mai bune detectări a deficiențelor grave și a luării de măsuri corespunzătoare pentru remedierea acestora;
• pentru următoarea perioadă de programare, să condiţioneze sprijinul acordat în cadrul politicii de coeziune de existența unei strategii cuprinzătoare de dezvoltare portuară, pe termen lung (bazată pe o evaluare a necesităților existente), pentru toate porturile din cadrul regiunii în cauză.

Curtea de Conturi Europeană a auditat investiţiile realizate în infrastructuri de transporturi în porturile maritime prin intermediul fondurilor structurale şi al Fondului de coeziune, pentru a determina dacă proiectele cofinanţate în perioada 2000-2006 – mai exact, obiectivele şi realizările a 27 de proiecte sprijinite prin FEDER şi prin Fondul de coeziune în cadrul rubricii „Infrastructuri de transporturi” – puteau fi considerate eficace. Curtea a examinat modul în care statele membre au gestionat aceste cheltuieli şi modul în care Comisia a supravegheat acest proces.
Transportul maritim reprezintă, ca importanţă, cel de al doilea mod de transport în Uniunea Europeană, transportul mărfurilor realizându-se încă, în cea mai mare parte, pe căile rutiere. În perioada 2000-2006, din fondurile structurale şi din Fondul de coeziune s-au alocat 2,8 miliarde de euro pentru infrastructurile aferente porturilor maritime, 85,5 % din fondurile totale disponibile fiind alocate unui număr de patru state. În plus, pentru perioada de finanţare 2007-2013, s-au alocat noi fonduri pentru investiţiile în porturile maritime, respectiv suma de 3,4 miliarde de euro.