În apărare, România a invocat o excepție de inadmisibilitate a acțiunii, motivând că obiectul acesteia ar fi fost modificat de Comisie în cursul procedurii necontecioase. Astfel, în scrisoarea de punere în întârziere, Comisia ar fi reproșat statului membru faptul că nu a comunicat lista APS, în timp ce în avizul motivat ar fi invocat desemnarea unor APS insuficiente ca număr și ca suprafață. Or, potrivit unei jurisprudențe consacrate a Curții, avizul motivat trebuie să se întemeieze pe aceleași motive care au fost invocate în scrisoarea de punere în întârziere.
România a susţinut că, întrucât Comisia a invocat pentru prima dată în avizul motivat caracterul insuficient ca număr și ca suprafață al APS desemnate, autoritățile române nu ar fi avut posibilitatea de a demonstra caracterul suficient al desemnării respectivelor arii în răspunsul lor la scrisoarea de punere în întârziere. Mai mult, în intervalul de timp dintre răspunsul la scrisoarea de punere în întârziere și avizul motivat, exista o stare de incertitudine cu privire la caracterul insuficient al desemnării realizate, astfel încât România nu a putut să își pregătească o apărare adecvată încă de la începutul fazei precontencioase.
Pe de altă parte, la mai puțin de două luni după ce a primit scrisoarea de punere în întârziere, România a transmis Comisiei, la 21 decembrie 2007, lista națională a APS pe care le clasificase între timp și din care rezultă că un număr important de APS au fost clasificate de acest stat membru potrivit Directivei păsări. Cu toate acestea, în cadrul unui aviz motivat emis la 23 septembrie 2008, Comisia a reproșat României, întemeindu-se pe argumente detaliate, că a clasificat APS insuficiente ca număr și ca suprafață, fără ca în prealabil să fi dat statului membru posibilitatea de a-și prezenta observațiile cu privire la acest aspect.
Prin urmare, Curtea constată că punerea în întârziere nu a identificat în mod suficient neîndeplinirea reproșată ulterior României în avizul motivat și că procedura precontencioasă nu și-a atins obiectivul de a garanta dreptul statului membru în cauză de a-și prezenta observațiile cu privire la criticile formulate de Comisie.
În consecinţă, Curtea respinge acţiunea formulată de Comisie împotriva României ca inadmisibilă.