Marele risc asumat de administratia americana, in momentul luarii deciziei de a declara razboi terorismului, a fost detinerea de catre Pakistan a armei nucleare.
Tara ce sufera de saracie cronica, cu un sistem guvernamental fragil, Pakistanul a trebuit sa faca fata, inca din momentul in care SUA a cerut permisiunea de folosire a spatiului aerian si a bazelor sale militare contra Afganistanului, unui val de proteste populare.
In acest moment, Pakistanul detine, conform aprecierii lui Gary Milhollin de la Wisconsin Projects on Nuclear Arms Control, intre 20 si 30 de arme nucleare, cu o putere de distrugere de aproximativ 30 de kilotone, adica de 2,5 ori mai mare decat cea a bombei de la Hiroshima. In aceste conditii, armata pakistaneza a fost marele semn de intrebare pentru toti analistii politici, apartinand sau nu guvernului american. Considerata ca o institutie solida, in ciuda pierderii a trei razboaie impotriva Indiei si a esecului de a conduce tara la fel de bine precum au reusit sa o faca, intr-o oarecare masura, guvernele civile, armata este banuita a avea legaturi mult prea stranse cu talibanii, mai ales la nivelul serviciilor de informatii. In plus, in anii ‘70, guvernul populist al lui Zulfikar Ali Bhutto a adus in randul armatei o serie de ofiteri provenind din randurile clasei sarace sau medii, clase mai apropiate din punctul de vedere al idealurilor religioase de fundamentalistii islamici. Unii dintre acesti ofiteri au urcat pe scara ierarhica, ajungand acum in pozitii cheie din cadrul armatei. Blocada impusa de SUA, ca urmare a eforturilor Pakistanului de a tine pasul cu India in ceea ce priveste dezvoltarea arsenalul nuclear propriu, a condus la o racire a relatiilor, inclusiv la nivelul cooperarii militare. Pregatirea in SUA a unor ofiteri pakistanezi a fost sistata, iar rezultatul este acela ca SUA cunoaste mult mai putine date despre ei, decat in cazul in care aceste legaturi ar fi continuat.
Problema este cu atat mai complicata cu cat guvernul taliban de etnie Pashti (etnie majoritara in Pakistan) constituia pentru pakistanezi o asigurare a granitei in vest, in conditiile in care in est aceasta este nesigura, ca urmare a diferendelor de frontiera cu India. Venirea la putere in Afganistan a unei Coalitii a Nordului, sprijinita de Rusia si de statele desprinse din fosta Uniunine Sovietica, ar putea constitui un factor suplimentar de nesiguranta pentru Pakistan. Aici insa SUA, probabil, isi va spune cuvantul.
Zona din jurul Afganistanului, avand un puternic potential conflictual, cuprinde trei puteri nucleare (China, ce detine aproximativ 410 focoase nucleare, din care 20 instalate pe rachete cu raza lunga de actiune, India, ce se estimeaza a avea intre 45 si 90 de focoase nucleare si, bineinteles, Pakistanul, cu 20-30 sau, dupa unele estimari, chiar 50 de focoase), precum si o a patra, in devenire, Iranul.